Ответ: С 1 января 2025 года все налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения (далее — УСН), признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (далее — НДС).
В то же время на основании абзацев третьего — пятого пункта 1 статьи 145 Кодекса организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, освобождаются от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, если у этих организаций и индивидуальных предпринимателей за предшествующий календарный год (предшествующий налоговый период по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН) доходы, определяемые в порядке, установленном Кодексом, не превысили в совокупности 60 млн рублей.
Абзацем первым пункта 2 статьи 145 Кодекса установлено, что, если иное не предусмотрено данным пунктом, положения статьи 145 Кодекса не распространяются на организации и индивидуальных предпринимателей, которые реализуют подакцизные товары в течение трех предшествующих последовательных календарных месяцев, а также на организации, указанные в статьях 145.1 и 145.2 Кодекса. При этом в соответствии с абзацем вторым пункта 2 статьи 145 Кодекса организации и индивидуальные предприниматели, указанные в абзацах третьем — пятом пункта 1 статьи 145 Кодекса, применяют освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, без учета особенностей, предусмотренных абзацем первым пункта 2 статьи 145 Кодекса.
Таким образом, организации, применяющие УСН, у которых за предшествующий календарный год (предшествующий налоговый период по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН) доходы, определяемые в порядке, установленном Кодексом, не превысили в совокупности 60 млн рублей, с 1 января 2025 года освобождаются от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, на основании статьи 145 Кодекса независимо от того, являются ли они организациями, получившими статус участника проекта в соответствии с Федеральным законом от 29 июля 2017 г. N 216-ФЗ «Об инновационных научно-технологических центрах и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» (далее — участник проекта).
В случае если в течение налогового периода по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН, у указанных выше организаций сумма доходов, определяемых в соответствии с положениями Кодекса, превысит в совокупности 60 млн рублей, то такие организации начиная с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором имело место такое превышение, прекращают применять освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, предусмотренное статьей 145 Кодекса, и вправе в дальнейшем применять освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, в порядке и на условиях, установленных статьей 145.1 Кодекса.

Основание: ПИСЬМО МИНФИНА РОССИИ от 27.01.2025 г. N 03-07-11/6784