Вопрос: Возник вопрос, связанный с осуществлением права налогоплательщика на принятие к вычету налога на добавленную стоимость (НДС) в следующем случае.
Специализированный застройщик применяет ОСН и строит подрядным способом жилищный комплекс, состоящий из жилых помещений (квартир), а также кладовок, машино-мест и нежилых помещений, предназначенных для размещения в них объектов торговли и общественного питания, на целевые кредитные средства банка-кредитора силами генерального подрядчика и технического заказчика. Строительство осуществляется в рамках Федерального закона от 30.12.2004 N 214-ФЗ «Об участии в долевом строительстве многоквартирных домов и иных объектов недвижимости и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации» с привлечением денежных средств дольщиков на эскроу-счета, открытые у банка-кредитора. Разрешение на строительство получено после 01.01.2024. В настоящий момент идет стадия строительства жилищного комплекса. Завершение строительства и получение разрешения на ввод в эксплуатацию ожидаются только 31.12.2027. Специализированный застройщик планирует после ввода в эксплуатацию жилищного комплекса нежилые помещения, предназначенные для размещения в них объектов торговли и общественного питания, оставить себе, не продавая их по ДДУ или ДКП на рынок, и сдавать самостоятельно в аренду. Генеральный подрядчик поэтапно в ходе процесса строительства сдает работы и выставляет специализированному застройщику N N КС-2, КС-3 и счета-фактуры на материалы и СМР по завершенным этапам работ при возведении жилищного комплекса.
В связи с вышеизложенным у специализированного застройщика возникают следующие вопросы.
Имеет ли право специализированный застройщик, не дожидаясь ввода в эксплуатацию жилищного комплекса с коммерческими помещениями в составе (31.12.2027), в ходе самого процесса строительства принимать к вычету НДС от генерального подрядчика, например, в 2025 г. и заявлять на возмещение из бюджета НДС в 2025 г. в принципе?
В случае положительного ответа на первый вопрос специализированный застройщик сейчас, в 2025 г., принимает к вычету и возмещению абсолютно весь НДС от генерального подрядчика, а затем после ввода в эксплуатацию жилищного комплекса восстанавливает НДС по жилым помещениям и кладовкам (машино-местам), реализованным по ДДУ?
Либо специализированный застройщик сейчас, в 2025 г., принимает к вычету и возмещению НДС от генерального подрядчика только в части нежилых помещений, предназначенных для размещения в них объектов торговли и общественного питания, планируемых к сдаче в аренду в будущем?
В случае положительного ответа на первый и третий вопросы для корректного отражения НДС к вычету необходимо ли, чтобы генеральный подрядчик выделял и представлял отдельно N N КС-2, КС-3 и счета-фактуры на материалы и СМР на жилую часть (прямые затраты на жилую часть); отдельно N N КС-2, КС-3 и счета-фактуры на материалы и СМР на коммерческие помещения (прямые затраты на нежилые помещения, предназначенные для размещения в них объектов торговли и общественного питания); отдельно N N КС-2, КС-3 и счета-фактуры на материалы и СМР на общие затраты, которые невозможно прямо отнести на жилую либо коммерческие части (косвенные затраты, относящиеся целиком к жилищному комплексу)? НДС с таких косвенных затрат можно ли распределять уже сейчас в ходе строительства, например, закрепив в налоговой учетной политике базу распределения пропорционально проектной площади по жилым и нежилым помещениям, либо распределять НДС с косвенных затрат можно только после ввода в эксплуатацию жилищного комплекса?
В случае положительного ответа на первый и третий вопросы если генеральный подрядчик не выделяет в N N КС-2, КС-3, счетах-фактурах жилую и коммерческую части, то возможно ли самостоятельно специализированному застройщику выделять НДС пропорционально проектной площади на нежилые помещения, предназначенные для размещения в них объектов торговли и общественного питания, чтобы не потерять налоговые вычеты по НДС?
В случае отрицательного ответа на первый вопрос имеет ли право специализированный застройщик после ввода в эксплуатацию жилищного комплекса с коммерческими помещениями в составе (31.12.2027) принимать к вычету НДС от генерального подрядчика, например, в 2028 г. и заявлять на возмещение из бюджета НДС в 2028 г. в принципе в части коммерческих помещений? Не истечет ли трехлетний срок принятия к вычету НДС, если ввод в эксплуатацию будет перенесен на поздний срок? 

Ответ: Пунктом 2 статьи 171 главы 21 «Налог на добавленную стоимость» Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) установлено, что вычетам подлежат суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику по товарам (работам, услугам), приобретаемым для осуществления операций, признаваемых объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость.
На основании пункта 6 статьи 171 Кодекса вычетам подлежат суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями (застройщиками или техническими заказчиками) при проведении ими капитального строительства, сборке (монтаже) основных средств, а также суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику по товарам (работам, услугам), приобретенным им для выполнения строительно-монтажных работ.
Согласно пунктам 1 и 5 статьи 172 Кодекса вычеты указанных сумм налога на добавленную стоимость производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при приобретении налогоплательщиком товаров (работ, услуг), после принятия их на учет и при наличии соответствующих первичных документов.
В соответствии с пунктом 1.1 статьи 172 Кодекса налоговые вычеты, предусмотренные пунктом 2 статьи 171 Кодекса, могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком на территории Российской Федерации товаров (работ, услуг), имущественных прав или товаров, ввезенных им на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией.
Таким образом, суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями при проведении ими капитального строительства, а также суммы налога, предъявленные налогоплательщику по товарам (работам, услугам), приобретенным им для выполнения строительно-монтажных работ, принимаются налогоплательщиком к вычету в течение трех лет после принятия на учет работ по капитальному строительству, а также товаров (работ, услуг), приобретенных для выполнения строительно-монтажных работ, независимо от момента ввода объекта строительства в эксплуатацию.

Основание: ПИСЬМО МИНФИНА РОССИИ от 29.09.2025 N 03-07-10/93953