Вопрос: Организация применяет систему налогообложения УСН («доходы минусрасходы»). В силу вступивших изменений в НК РФ с 01.01.2025 организация признается налогоплательщиком НДС по ставке 5%. В марте 2025 г. организация заключила концессионное соглашение в отношении объектов водоснабжения и водоотведения. Согласно разъяснениям, приведенным в Письме Минфина России от 10.01.2025 N 03-07-11/461, операции по реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, совершаемые в рамках концессионного соглашения организациями-концессионерами, применяющими УСН, облагаются по налоговой ставке 20%, освобождение от НДС и налоговые ставки в размере 5% или 7% не применяются.
Также организация осуществляет деятельность по управлению многоквартирными домами, и в силу пп. 29 п. 3 ст. 149 НК РФ организация применяет освобождение от налогообложения НДС при реализации коммунальных услуг, приобретенных у организаций коммунального комплекса, поставщиков электрической энергии.
В то же время п. 9 ст. 164 НК РФ установлено ограничение: организации и индивидуальные предприниматели, применяющие специальную ставку НДС, обязаны применять ее в течение не менее 12 последовательных налоговых периодов, то есть в течение трех лет (кроме случаев, при которых налогоплательщик утратит право на применение УСН либо у налогоплательщика возникнет основание для освобождения от НДС по ст. 145 НК РФ). При этом выбранная ставка НДС должна применяться ко всем операциям, являющимся объектом налогообложения по НДС. Не допускается применение разных налоговых ставок в зависимости от того, кто является покупателем (приобретателем) соответствующих товаров (работ, услуг) (п. 7 ст. 164 НК РФ).
На основании вышеизложенного:
— с какого момента организация должна применять ставку 20%;
— может ли она ее применять с даты заключения концессионного соглашения, если с 01.01.2025 выбрала льготную ставку НДС 5%, или должна перейти на ОСН;
— при применении ставки НДС 20% будут ли действовать нормы ст. 149 НК РФ;
— может ли организация применять разные ставки НДС при ведении деятельности в рамках концессионного соглашения в размере 20% и отдельно по управлению многоквартирными домами в размере 5% (7%)? 

Ответ: С 1 января 2025 года в соответствии с положениями Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) организации и индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения (далее — УСН), признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (далее — НДС).
В связи с этим указанные организации и индивидуальные предприниматели с 1 января 2025 года НДС для уплаты в бюджет исчисляют в соответствии с положениями главы 21 «Налог на добавленную стоимость» Кодекса.
Так, согласно пункту 1 статьи 145 Кодекса организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН с 1 января 2025 года, в случае соблюдения условий, предусмотренных данной статьей, применяют освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС (далее — освобождение от НДС).
Также организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН с 1 января 2025 года и не имеющие оснований для освобождения от НДС, при осуществлении операций по реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, подлежащих налогообложению НДС, вправе применять налоговые ставки в размере 5 или 7 процентов в порядке и на условиях, установленных пунктами 8 и 9 статьи 164 Кодекса.
Особенности исчисления и уплаты НДС при осуществлении операций в рамках концессионных соглашений установлены статьей 174.1 Кодекса и предусматривают, что при совершении в рамках концессионного соглашения операций по реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав) обязанности налогоплательщика НДС возлагаются на концессионера.
Так, на основании пункта 2 статьи 174.1 Кодекса при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав в соответствии с концессионным соглашением концессионер обязан выставить соответствующие счета-фактуры в порядке, установленном Кодексо
Кроме того, пунктом 3 статьи 174.1 Кодекса установлено, что налоговый вычет по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, и по имущественным правам, приобретаемым для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), признаваемых объектом налогообложения в соответствии с главой 21 Кодекса, в соответствии с концессионным соглашением предоставляется только концессионеру при наличии счетов-фактур, выставленных продавцами этому лицу, в порядке, установленном главой 21 Кодекса.
При этом положения статьи 174.1 Кодекса не содержат специальных норм в отношении организаций, применяющих УСН.
Таким образом, при совершении концессионером, применяющим УСН с 1 января 2025 года, в рамках концессионного соглашения операций по реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав на такого концессионера возлагаются обязанности налогоплательщика НДС.
Принимая во внимание, что освобождение от НДС и налоговые ставки в размере 5 или 7 процентов предоставляются непосредственно организациям и индивидуальным предпринимателям, применяющим УСН, при соблюдении ими установленных условий, данные организации и индивидуальные предприниматели, являющиеся концессионерами, в отношении операций по реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, совершаемых в рамках концессионного соглашения, освобождение от НДС и налоговые ставки в размере 5 или 7 процентов не применяют.
В случае если организация, применяющая УСН, реализует товары (работы, услуги) как в рамках концессионного соглашения, так и вне рамок указанного соглашения, то при реализации товаров (работ, услуг) вне рамок концессионного соглашения организацией применяются нормы статей 145, 149, пунктов 8 и 9 статьи 164 Кодекса.

Основание: ПИСЬМО МИНФИНА РОССИИ от 05.09.2025 N 03-07-11/87040